Yvon Chouinard, a Patagonia alapítója 1953-ban, 14 évesen találkozott a sziklával. Bekerült ugyanis a Dél-Kaliforniai Solymászklubba, ahol vadászsasokat és sólymokat képeztek ki. Ahhoz, hogy a fiatal sólymokat begyűjtsék, köteleken ereszkedtek le a sziklákon elhelyezkedő fészkekig. Lassan az ereszkedéssel kapcsolatos sziklamászás is megtetszett a fiatal Yvon-nak, így elkezdett sziklát mászni. Összekerült az akkor fiatal mászótársasággal, akik Yosemite falait mászták.
Mielőtt észbe kapott volna, már vállalkozása volt. Egy óra alatt két éket tudott kovácsolni, és darabját 1,50 dollárért adta el. Egy kis műhelyt épített szülei burbanki hátsó kertjében, eszközeinek nagy része hordozható volt, így autójába pakolta őket, és végigjárta Kalifornia partvidékét, Big Surtól San Diegóig, ahol szörfözött.
Megélhetését az autója csomagtartójából árult felszereléseiből fedezte, a nyereség azonban csekély volt.
Szerencsére találtak más alternatívát: kézzel behelyezhető alumínium ékek, amelyeket nem kellett beverni és kivenni, így nem károsították a sziklákat. 1972-ben az első Chouinard Equipment katalógusban mutatták be őket, amelyben egy 14 oldalas esszét is közöltek Doug Robinsontól, a Sierra Club mászójától. Ebben az írásban bemutatták, hogy hogyan kell helyesen használni az alumínium ékeket. Ez a katalógus egy új fejezetet nyitott: a Patagonia későbbi kiadványaiban rendszeresen környezettudatos esszéket is publikáltak.
A katalógus megjelenése után néhány hónappal a hagyományos ékek iránti kereslet drasztikusan csökkent, míg az alumínium ékeket gyorsabban elkapkodták, mint amilyen ütemben gyártani tudták őket.
Egy 1970-es téli mászókiránduláson Chouinard vásárolt egy rögbimezt Skóciában, hogy azt használja sziklamászáshoz. Ezeket a mezeket ugyanis rendkívül strapabíróra tervezték, hogy kibírják a rögbi kemény körülményeit, a gallérjuk pedig megakadályozta, hogy a mászóhevederek elvágják a nyakát. Miután visszatért az Egyesült Államokba, Chouinard ezt hordta mászótársai körében, akik hamarosan megkérdezték tőle, hogy hol tudnának ilyet szerezni.
Ahogy cégük növekedett, felismerték, hogy a ruházat eladásával fellendíthetik az amúgy szerény haszonnal működő mászófelszerelés-üzletüket.
1972-re már angliai rögbimezeket, poliuretán esőkabátokat és bivakzsákokat árultak.
Az 1980-as évek elején egy újabb fontos váltás történt. Míg az outdoor ruházati cikkek fakó barnák, sötétzöldek vagy legfeljebb halványkékek voltak, a Patagonia merész, élénk színekkel töltötte meg a kínálatát. Bevezették a kobaltkéket, türkizt, francia vöröset, aloeszínt, tengeri habzöldet és a jeges mokkát.
A Patagonia ruházata továbbra is strapabíró maradt, de túllépett a megszokott, unalmas outdoor színeken, és merész, karakteres stílussá vált.
1984-ben Chouinard az amerikai focifelsőkből véve az ötletet, áttér a víztaszító polipropilén szövet alapú felsők és nadrágok gyártására.
1985-ben bevezették a Capilene® szálas poliésztert. Ebből készítették az első lélegző szálú szintetikus alsóneműket.
1986-ban eldöntötték, hogy ökotudatosak lesznek és az éves profitjuk 10%-át a természetvédőknek adományozták. Az összeget inkább kis szervezeteknek szánták, akik szerintük jobban átlátták a helyi ökológiai problémákat. Már a 70-es évek végétől támogatták Mark Capelli ökológust, aki az ökoszisztémák helyreállításával foglalkozott.
1988-ban ökotudatos iskoláztatást indított a cég, konferenciákat szerveztek, ahol biológusok és ökológusok szennyezéssel kapcsolatos problémákat tárhattak fel.
1991-ben a gazdasági válság miatt, a cég csökkentette készleteit és az eladások is visszaestek, de sikerül túlvészelni a válságot és aztán újra fellendülni.
1994-ben, a pamut-termőföldek láttán eldöntötték, hogy átállnak 100% organikus pamutra, a pamut ruházatok előállításához. Ugyanis az organikus pamutot nem kezelik káros rovarirtó szerekkel. Akkoriban 66 féle pamut terméket forgalmaztak, most sokkal szélesebb a termékkínálat.
1996 óta bizonyos ruházatok előállításához újrahasznosított szintetikus fonalakkal kevert kendert használnak.
2005 óta új varrási technikát használnak a softshellekhez és az esőkabátokhoz, ami jobb vízállóságot biztosít, de elsősorban nem gyűri a varrás mentén az anyagot. Azóta folyamatosan fejlesztik a technológiákat, törekedve arra, hogy a lehető legmodernebbet, de a Föld ökoszisztémájára nézve a legkisebb káros hatással tudják előállítani.
Kender – Az egyik legellenállóbb természetes rost, amit könnyű kinyerni és nagyon jó kopásálló tulajdonságokkal bíró lélegző szövetet lehet előállítani.
Újrahasznosított nylon – Ezt ipari hulladék műanyagból állítják elő: kidobott szövetek, nem felhasznált, régi fonalak, szövetgyárakban nem felhasznált szövetek, amiket ledarálnak beolvasztanak és újra húznak fonállá.
Merinó gyapjú – patagóniai merinó juhoktól szerzett gyapjú, amit nem is szükséges reklámozni.
Újrahasznosított poliészter – 1993-tól kezdve újrahasznosított PET-palackokból állítják elő. A Patagonia az első cég, ami ezt a lépést megtette.
Organikus pamut – Felfigyelve a pamut előállításakor felhasznált mérgező rovarirtókra és műtrágyákra, a cég exkluzív módon áttért a káros anyagokkal nem szennyezett organikus pamutra.
Újrahasznosított gyapjú – Más cégek által nem felhasznált, újrahasznosított gyapjú fonalak.
TENCEL® LYOCELL – Az eukaliptusz rostja amit ökotudatosan lehet előállítani. Lélegző, ellenálló, természetes szövetekhez lehet felhasználni, más anyagokkal keverve.
YULEX – A neoprén alternatívája, guayule cserjéből előállított természetes gumi.
Kasmírgyapjú – Természetesen hagyott, festékanyagokkal nem szennyezett kecskeszőr. Sajátos, egyedi tapintású szövetek.
Újrahasznosított pamut – Nyers pamut, általában más cégek által nem felhasznált készleteiből. Természetes színekben, festékanyagokkal nincs szennyezve.