Az Altra Running története két szenvedélyes futó, Golden Harper és Brian Beckstead innovatív elképzelésével kezdődött, akik egy olyan cipőt álmodtak meg, amely akkor még nem létezett. Gyermekkoruk óta futottak, és középiskolai terepfutó edzéseken találkoztak az amerikai Utah államban. Folyamatosan keresték a módját annak, hogyan javíthatnák futóteljesítményüket és csökkenthetnék a sérülések kockázatát.
A cél egy olyan lábbeli volt, amely valóban illeszkedik a láb természetes formájához, helyet biztosítva a lábujjaknak, és segítve a futókat, hogy egészségesebben és hatékonyabban futhassanak.
Az Altra filozófiája szerint a futásnak nem szabad extra terhelést róni a testre, hanem támogatnia kell a mozgást és az életstílust. A kezdeti kis kísérletekből mára világszerte elismert márka lett.
Golden Harper észrevette, hogy a hagyományos futócipők magas sarka megváltoztatja a futók természetes lépésmintáját, ami sérülésekhez vezethet, ezért elkezdte módosítani a meglévő cipőket: eltávolította a párnázást a sarokrészből, majd egy kenyérpirító és ragasztó segítségével újra összerakta azokat. Az így létrejött új cipőkben a sarok és a lábujjak közötti magasságkülönbség megszűnt, amit aztán "Zero Drop" kialakításnak nevezett el.
A márkanév is ebből a módosításból ered: Harper az Altrát a latin "altera" szó alapján választotta, ami azt jelenti, hogy "megjavítani vagy kijavítani valamit, ami elromlott".